Szef SKW kieruje podległą służbą bezpośrednio lub przez swoich zastępców oraz dyrektorów (kierowników) jednostek organizacyjnych SKW.

W skład SKW wchodzą następujące jednostki organizacyjne:

1. Zarząd Bezpieczeństwa Informacji Niejawnych
2. Zarząd Ochrony Ekonomicznych Interesów Sił Zbrojnych
3. Zarząd Ochrony Sił Zbrojnych
4. Zarząd Operacyjny
5. Biuro Ewidencji i Archiwum
6. Biuro Kadr i Szkolenia
7. Biuro Logistyki
8. Biuro Łączności i Informatyki
9. Biuro Pełnomocnika Ochrony i Bezpieczeństwa Wewnętrznego
10. Biuro Prawne
11. Biuro Radiokontrwywiadu
12. Biuro Techniki i Obserwacji
13. Gabinet Szefa SKW
14. Inspektorat SKW w Gdyni
15. Inspektorat SKW w Krakowie
16. Inspektorat SKW w Lublinie
17. Inspektorat SKW w Poznaniu
18. Inspektorat SKW w Warszawie
19. Zespół Audytu Wewnętrznego
20. Zespół Nadzoru Finansowego