Szef SKW kieruje podległą służbą bezpośrednio lub przez swoich zastępców oraz dyrektorów (kierowników) jednostek organizacyjnych SKW.

W skład SKW wchodzą następujące jednostki organizacyjne:

1. Zarząd Studiów i Analiz,
2. Zarząd Operacyjny,
3. Zarząd Ochrony Sił Zbrojnych,
4. Biuro Ochrony Informacji Niejawnych,
5. Biuro Techniki i Obserwacji,
6. Biuro Radiokontrwywiadu,
7. Biuro Łączności i Informatyki,
8. Biuro Bezpieczeństwa Teleinformatycznego,
9. Biuro Spraw Wewnętrznych,
10. Biuro Logistyki,
11. Biuro Finansów,
12. Biuro Ewidencji i Archiwum,
13. Biuro Kadr i Szkolenia,
14. Biuro Prawne,
15. Biuro Pełnomocnika Ochrony,
16. Zespół Audytu Wewnętrznego,
17. Gabinet Szefa SKW,
18. Inspektorat SKW w Gdyni,
19. Inspektorat SKW w Krakowie,
20. Inspektorat SKW w Lublinie,
21. Inspektorat SKW w Poznaniu,
22. Inspektorat SKW w Warszawie,