Podstawowe zadania SKW zostały określone w art. 5 ustawy o SKW i SWW.

Należą do nich:

1. rozpoznawanie, zapobieganie oraz wykrywanie popełnianych przez żołnierzy pełniących czynną służbę wojskową, funkcjonariuszy SKW i SWW oraz pracowników SZ RP i innych jednostek organizacyjnych MON, przestępstw:
  

• przeciwko pokojowi, ludzkości oraz przestępstw wojennych określonych w rozdziale XVI ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. - Kodeks karny (Dz. U. Nr 88, poz. 553, z późn. zm.), a także innych ustawach i umowach międzynarodowych,
• przeciwko Rzeczypospolitej Polskiej określonych w rozdziale XVII ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. - Kodeks karny, oraz takich czynów skierowanych przeciwko państwom obcym, które zapewniają wzajemność,
• określonych w art. 140 ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. - Kodeks karny,
• określonych w art. 228-230 ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. - Kodeks karny, jeżeli mogą one zagrażać bezpieczeństwu lub zdolności bojowej SZ RP lub innych jednostek organizacyjnych MON,
• przeciwko ochronie informacji określonych w rozdziale XXXIII ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. - Kodeks karny, jeżeli mogą one zagrażać bezpieczeństwu lub zdolności bojowej SZ RP lub innych jednostek organizacyjnych MON, a także takich czynów skierowanych przeciwko państwom obcym, które zapewniają wzajemność,
• określonych w art. 33 ustawy z dnia 29 listopada 2000 r. o obrocie z zagranicą towarami, technologiami i usługami o znaczeniu strategicznym dla bezpieczeństwa państwa, a także dla utrzymania międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa (Dz. U. z 2004 r. Nr 229, poz. 2315),
• związanych z działalnością terrorystyczną oraz innych niż wymienione w lit. a-f, godzących w bezpieczeństwo potencjału obronnego państwa, SZ RP oraz jednostek organizacyjnych MON, a także państw, które zapewniają wzajemność;  

2. współdziałanie z Żandarmerią Wojskową i innymi organami uprawnionymi do ścigania przestępstw wymienionych w pkt 1;

3. realizowanie, w granicach swojej właściwości, zadań określonych w ustawie z dnia 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych (Dz. U. z 2010 r. Nr 181, poz. 1228);

4. uzyskiwanie, gromadzenie, analizowanie, przetwarzanie i przekazywanie właściwym organom informacji mogących mieć znaczenie dla obronności państwa, bezpieczeństwa lub zdolności bojowej SZ RP lub innych jednostek organizacyjnych MON, w zakresie określonym w pkt 1, oraz podejmowanie działań w celu eliminowania ustalonych zagrożeń;

5. prowadzenie kontrwywiadu radioelektronicznego oraz przedsięwzięć z zakresu ochrony kryptograficznej i kryptoanalizy;

6. uczestniczenie w planowaniu i przeprowadzaniu kontroli realizacji umów międzynarodowych dotyczących rozbrojenia;

7. ochrona bezpieczeństwa jednostek wojskowych, innych jednostek organizacyjnych MON oraz żołnierzy wykonujących zadania służbowe poza granicami państwa;

8. ochrona bezpieczeństwa badań naukowych i prac rozwojowych zleconych przez SZ RP i inne jednostki organizacyjne MON oraz produkcji i obrotu towarami, technologiami i usługami o przeznaczeniu wojskowym zamówionymi przez SZ RP i inne jednostki organizacyjne MON, w zakresie określonym w pkt 1;

9. podejmowanie działań, przewidzianych dla SKW, w innych ustawach, a także umowach międzynarodowych, którymi Rzeczpospolita Polska jest związana.

Zadania SKW obejmują również rozpoznawanie oraz wykrywanie przestępstw, popełnionych we współdziałaniu z żołnierzami pełniącymi czynną służbę wojskową, funkcjonariuszami SKW i SWW lub pracownikami SZ RP i innych jednostek organizacyjnych MON. Działalność SKW poza granicami Rzeczypospolitej Polskiej może być prowadzona w związku z jej działalnością na terytorium państwa wyłącznie w zakresie realizacji zadań określonych w ustawie.

Służba Kontrwywiadu Wojskowego przy realizacji swoich działań współdziała z:

1. Sztabem Generalnym Wojska Polskiego i innymi komórkami organizacyjnymi Ministerstwa Obrony Narodowej oraz dowódcami rodzajów SZ RP, okręgów wojskowych, garnizonów wojskowych i jednostek wojskowych;
2. odpowiednimi organami, służbami i instytucjami podległymi ministrowi właściwemu do spraw wewnętrznych;
3. odpowiednimi organami i jednostkami organizacyjnymi podległymi ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych;
4. odpowiednimi organami, służbami i instytucjami podległymi ministrowi właściwemu do spraw zagranicznych;
5. innymi organami, służbami i instytucjami uprawnionymi do wykonywania czynności operacyjno-rozpoznawczych.