Zgodnie z art. 11 ust. 1 ustawy o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służbie Wywiadu Wojskowego z dnia 9 czerwca 2006 r. działalność Służby Kontrwywiadu Wojskowego jest finansowana z budżetu państwa z części - obrona narodowa.

Koszty realizacji działań SKW, w zakresie których - ze względu na wyłączenie ich jawności - nie mogą być stosowane przepisy o finansach publicznych, rachunkowości i zamówieniach publicznych, są finansowane z utworzonego na ten cel funduszu operacyjnego.